Etiologie a patogeneze tyreoidální autoimunity není dosud zcela objasněna. Na základě současných poznatků se předpokládá vliv faktorů zevního prostředí v geneticky predisponovaném terénu. V poslední době vstupuje do popředí zájmu třetí skupina faktorů, které můžeme označit jako regulační. Patří mezi ně jednak primárně imunologické mechanismy, které mají schopnost kontrolovat přiměřenost (auto)imunitní odpovědi, jednak faktory hormonální. I jednotlivé složky těchto skupin však mohou být naprogramovány geneticky.